Bom dia José,
Tive o mesmo problema, analisando a situação, cheguei a conclusão de que o PVA está validando o saldos de ativo e passivo mês a mês, ou seja o ativo está diferente do passivo de jan a nov em caso de apuração anual, e no mês de Dezembro conforme encerramento anual, o ativo e passivo vai ficar igual pois é desconsiderado o encerramento, se considerarmos o encerramento a diferença entre os ativos e passivos será o teu resultado, em resumo acredito que a validação mensal esteja incorreta pois existem apenas encerramento anual ou trimestral e não mensal.
Espero ter ajudado.

José na versão 4.06 essa advertência não ocorria já na versão 4.07 isso ocorre, essas diferenças entre ativo e passivo é exatamente o resultado do Lucro / Prejuízo mensal que em alguns casos as receitas / despesas são encerradas somente em DEZ, na qual as advertências vão existir de ( JAN a NOV )
Veja a resposta quer obtive da Receita.
FALECONOSCO-SPED-IRPJ-RFB

Prezado Contribuinte,
Quando o ativo não coincide com o passivo em balanços utilizados para
redução e suspensão do pagamento do IRPJ e CSLL, o PVA emite advertências
apontando o ocorrido.
O procedimento é correto. Advertências têm valor indicativo e não impedem a
entrega da declaração.
Se não se deseja efetuar a transferência do resultado para o balanço nesses
casos, prossiga normalmente.
Caso se deseje efetuar o ajuste, este pode ser realizado no bloco K,
somando ou subtraindo o resultado ao saldo final da conta de Lucros
Acumulados (usualmente utilizada para este fim) e somando este mesmo valor
ao total de créditos ou débitos, conforme o resultado seja positivo ou
negativo.