Olá, bom dia Julio, leve em consideração a natureza de cada um, ICMS estadual e o PIS e a Cofins federal, tendo também a questão da base do PIS e da Cofins, ser o valor total do produto ou seja valor unitário multiplicado pela quantidade somente.

TEXTO EXTRAÍDO DO SITE DO STF:
Inclusão do ICMS na base de cálculo do PIS/Cofins é inconstitucional
 

Por maioria de votos, o Plenário do Supremo Tribunal Federal (STF), em sessão nesta quarta-feira (15), decidiu que o Imposto Sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS) não integra a base de cálculo das contribuições para o Programa de Integração Social (PIS) e a Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins). Ao finalizar o julgamento do Recurso Extraordinário (RE) 574706, com repercussão geral reconhecida, os ministros entenderam que o valor arrecadado a título de ICMS não se incorpora ao patrimônio do contribuinte e, dessa forma, não pode integrar a base de cálculo dessas contribuições, que são destinadas ao financiamento da seguridade social.
(…)

Modulação
 
Quanto à eventual modulação dos efeitos da decisão, a ministra Cármen Lúcia explicou que não consta no processo nenhum pleito nesse sentido, e a solicitação somente teria sido feita da tribuna do STF pela Procuradoria da Fazenda Nacional. Não havendo requerimento nos autos, não se vota modulação, esclareceu a relatora. Contudo, ela destacou que o Tribunal pode vir a enfrentar o tema em embargos de declaração interpostos com essa finalidade e trazendo elementos para a análise.
(…)
Fonte: http://stf.jus.br/portal/cms/verNoticiaDetalhe.asp?idConteudo=338378

O crédito de PIS/COFINS, independe da forma como seu fornecedor calculou na Nota Fiscal dele.
Você nunca deve considerar os valores de PIS/COFINS do fornecedor, seja ele do Simples, Lucro Real ou presumido, com ou sem liminar.
Você calcular o crédito na entrada conforme as regras que sua empresa está enquadrada, e a tributação do produto na legislação.