Zenon,
 
A novidade veio no AJUSTE SINIEF 10, DE 8 DE JULHO DE 2016, e coube a cada UF, ratificar>
,SÃO PAULO:
Conforme disposto no Art. 206-B, §2º do RICMS/SP, o uso da anulação de valores em transportes é vedado quando: 
•    Nos casos em que for possível sanar o erro mediante carta de correção; 
•    Descaracterizar a prestação de serviço de transporte; 
•    Nos casos em que for possível sanar o erro de lançamento de imposto mediante emissão de um  CT-e de Complemento;
    Para cada CT-e emitido com erro, é possível somente a emissão de um CT-e de Anulação e um CT-e de Substituição, que não poderão ser cancelados. 
    Deve ser emitido até 60 dias da primeira emissão (CT-e anulação e substituição);
 
 
No Mato Grosso:
 

Anulação de valores 
Não se aplica nas hipóteses de erro passível de correção mediante Carta de Correção ou emissão de documento fiscal complementar.
Para a anulação de valores relativos à prestação de serviço de transporte de cargas devem ser observados os seguintes critérios: 
Comprovação do erro;
A anulação não pode descaracterizar a prestação;
Deve ser emitido até 60 dias da primeira emissão (CT-e anulação e substituição);
Para cada CT-e emitido com erro somente é possível a emissão de um CT-e de anulação e um substituto, que não poderão ser cancelados. Após emissão de CT-e de anulação ou substituição, o CT-e não mais poderá ser cancelado. Para a anulação deverá ser observado:
 
I – Quando o tomador do serviço for contribuinte do ICMS: a) o tomador deverá emitir documento fiscal próprio, pelos valores totais do serviço e do tributo, com observância do que segue:
Por no documento como natureza da operação “Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte”;
Informar o número do CT-e emitido com erro, os valores anulados e o motivo da anulação (descrição do erro); 
As informações de um mesmo período de apuração podem ser consolidadas em um único documento fiscal;
Somente valores monetários podem ser alterados; b) após receber o documento do tomador, o transportador deverá emitir CT-e substituto. Este deve:
Referenciar o CT-e emitido com erro (colocar no campo especifico do CT-e substituição o CT-e a ser substituído),
Consignar a expressão “Este documento substitui o CT-e número …, de … (data), em virtude de …. (descrever o erro)”;
II -Quando o tomador do serviço não for contribuinte do ICMS: 
a) o tomador deverá emitir declaração mencionando o número e data de emissão do CT-e emitido com erro, bem como a descrição do erro, podendo consolidar as informações de um mesmo período de apuração em uma ou mais declarações. 
b) após receber a declaração mencionando o número e data de emissão do CT-e emitido com erro, o transportador deverá emitir um CT-e de anulação para cada CT-e emitido com erro, cumprindo os seguintes requisitos:
Referenciar o emitido com erro, adotando os mesmos valores totais do serviço e do tributo;
Por como natureza da operação “Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte”;
Informando o número do CT-e emitido com erro;
Descrevendo o erro. 
c) após emitir o CT-e de anulação, o transportador deverá emitir CT-e substituto, cumprindo o que se segue:
Referenciar o CT-e emitido com erro;
Referenciar o CT-e de anulação;
Consignando a expressão “Este documento substitui o CT-e número …, de … (data), em virtude de …. (descrever o erro)”. 
Observações quanto ao crédito do ICMS na anulação de valores:
1)     Observada a legislação tributária quanto à utilização de crédito, o transportador poderá, eventualmente, dele se utilizar. 
2)     Nas hipóteses em que a legislação vedar o destaque do imposto pelo tomador contribuinte do ICMS, deverá o transportador utilizar o procedimento previsto no inciso II acima, substituindo a declaração de que trata a alínea a do referido inciso por documento fiscal emitido pelo tomador, que deverá indicar, no campo “Informações Adicionais”
 
 
Abs