Bom dia,
O custo médio ponderado é aceito tanto pela legislação fiscal quanto pelas normas contábeis, para valorização dos estoque. Diante disso, o correto ou mais usual seria adotar forma de calcular para se calcular o custo ao final do mês? 
Adota-se a baixa (saída) a cada lançamento, dia a dia? Exemplo 1 do link
Adota-se a baixa (saída) acumulado no último dia do mês? Exemplo 2 do link
http://www.portaldeauditoria.com.br/contabilidade/contabilidade-custos_custo-medio-ponderado.htm
Sds