Olá Taviane,
 
Não há problemas em fazer a ECD Lucro Presumido Anual, entretanto você terá que fazer mais um passo na ECF, pois os encerramentos do exercício na ECF seguem o período de apuração do tributo.
Por exemplo, se a empresa é do lucro presumido, os encerramentos do exercício da ECF serão trimestrais. Caso a ECD recuperada tenha encerramento diferente (por exemplo, a ECD recuperada tenha apenas um encerramento anual), no momento da validação no programa da ECF, poderá aparecer uma mensagem com o valor da diferença entre os saldos finais credores e os saldos iniciais credores. Neste caso, a pessoa jurídica deverá ajustar os saldos por meio de alteração nos registros K155 e K355 (alteração de saldo de uma ou mais contas).