Emissão de NF-e pela mesma empresa e inscrições estaduais diferentes

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Foto de perfil de Fabrício Márcio dos SantosFabrício Márcio dos Santos perguntado 12 meses

Boa tarde.
Me deparei com uma situação onde uma empresa (geradora de energia) sediada no MS tem um benefício fiscal quando vende para um cliente em SP, a operação é isenta ou tem ICMS 100% diferido.
Quando vende para cliente de SP a NF-e é emitida com a inscrição estadual (IE) de São Paulo, inclusive com o endereço do escritório da empresa em SP (não é filial).
Quando vende para outro estado utiliza a IE e endereço da empresa no seu estado (MS).
Em resumo, o mesmo CNPJ emite NF-e com inscrições estaduais diferentes, pelo que conversei com o contador não é IE do Substituto Tributário.
Essa situação realmente é possível? E de fato isso não é Substituto Tributário? É correto emitir a NF-e dessa forma?