Eu Faria assim:
Situação 1: eu faria assim mesmo, informaria somente os 98 e o resto fica como consumo, mas você cita que os 2 são usados no processo, não sobra nada de sucata ali, porque se sobrar não teria opção tem que informar 100 e transferir 2 para código de produto de sucata e dar baixa via NF ou venda, etc.
 
Situação 2:Concordo tb.
 
O que tem que cuidar: a rejeição gera um produto em si, ou ele pode ser reusado e não sobra nada em si….