O crédito de PIS/COFINS, independe da forma como seu fornecedor calculou na Nota Fiscal dele.
Você nunca deve considerar os valores de PIS/COFINS do fornecedor, seja ele do Simples, Lucro Real ou presumido, com ou sem liminar.
Você calcular o crédito na entrada conforme as regras que sua empresa está enquadrada, e a tributação do produto na legislação.