Parece que tua dúvida não é de SPED Contribuições.
A tua dúvida é emissão de documento fiscal, pois são duas situações diferentes, pois nem todos modelos de documento fiscais tem campo de PIS/COFINS, e mesmo que exista o campo, o destaque ou não do PIS/COFINS terá influencia na apuração do PIS/COFINS;