Boa tarde!
Bah Herundino tua única saída é retificar, pois o período de entrega esta errado, pois se a empresa já existia, então a data correta é de 01/01/2016 a 31/12/2016 e se foi constituída no meio de 2016, dai seria da data de abertura ate 31/12/2016.E com isso entendo que precisará apenas de 1 contador(mesmo que enviou a declaração original) pois conforme o manual:
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A entidade deverá preencher o registro J801 – Termo de Verificação Para Fins de Substituição da ECD – detalhando os erros que deram motivo à substituição. Este termo deverá integrar a escrituração substituta e conterá:I – Identificação da escrituração substituída;II – Descrição pormenorizada dos erros;III – Identificação clara e precisa dos registros que contêm os erros, exceto quando o erro for decorrência necessária de outro erro já discriminado;IV – Declaração de que o(s) signatário(s) do Termo de Verificação não é(são) responsável(is) pelas escriturações, substituta ou substituída, exceto quando ele(s) for(em), também, signatário(s) de uma delas.O Termo de Verificação será assinado:i) Pelo próprio profissional contábil que assina a escrituração substituta, quando a correção dos erros não dependa de alterações de lançamentos contábeis, saldos, ou demonstrações contábeis, tais como, correções em termo de abertura, de encerramento, identificação dos signatários, etc.;
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Poderá confirmar com tua consultoria.
 
Espero ter ajudado.