Bom dia,
Para a situação apresentada, veja umas das perguntas frequentes que consta no portal oficial do esocial:
05.13 – (04/08/2017) Quando a empresa possui empregados que já foram aposentados por invalidez é obrigatória a qualificação cadastral para o eSocial?
A qualificação cadastral não será obrigatória para o trabalhador afastado pelo motivo de aposentadoria por invalidez ou benefício por incapacidade, conforme regras já aplicadas no leiaute do eSocial.
Conforme a REGRA_VALIDA_TRABALHADOR_BASE_CNIS, nos casos em que o NIS for informado, deve ser efetuada validação do CPF, NIS e data de nascimento do trabalhador na base de dados no CNIS. No evento de admissão (S-2200), não efetuar a validação acima mencionada quando {cadIni} = [S] e o grupo {afastamento} estiver preenchido.