Bom dia!

Mari, devido a ECD ser um “Livro” Contábil o encerramento do mesmo é em 31/12/XX (exceto casos especiais) conforme prevê as regras contábeis, contudo o encerramento é Anual. Já a ECF é trimestral, por ser uma declaração Fiscal, conforme a apuração dos impostos.
Então é apenas uma consequência, seu arquivo não esta Errado, apenas há diferença de saldo devido ao encerramento apenas em 31/12/XX e não trimestral como é os impostos.
Não há problemas em tu entregar assim, afinal esta correto teu encerramento e não é um Erro que o PVA setou.

Para corrigir, tu terias que fazer encerramento trimestral na contabilidade, retificar a ECD para depois a ECF.